A terraformált bolygók galaxisában titkos háború dúl két intergalaktikus ügynökség között. Egyikük – az ARCHON – olyan technológiát fejleszt, amely megszállja az emberek elméjét. Már megzsarnokosították a Teballai nevű bolygót, és azt remélik, hogy gondolatolvasó technológiájukkal elterjedhetik hatalmukat a galaxisban. Egy másik szervezet – a FOE (Freedom Organisation of Elites) – a szabadság nevében el akarja pusztítani az ARCHON technológiáját. Amikor egy Blaire nevű fiatal FOE-katona (a nemet Ön választja) megszerzi a gondolatok olvasásának képességét egy ARCHON-kísérlet során, úgy találja, hogy hűsége megszakad a két fél között. Az, hogy Blaire segíti-e az ellenséget, vagy legyőzi, attól függ, hogyan használod fel az erejét.

A hagyományos vizuális regény egyik jellemzője az elágazó történet. Ez általában a játékosra kényszerített választásokon keresztül valósul meg. A legbonyolultabb vizuális regények némelyikében tucatnyi ilyen választási lehetőség és többféle befejezés található. A Quantum Lelkiismeretet "kísérletinek" nevezem, mert igyekszik megszüntetni ezeket a választásokat. A játék legelső percein kívül, amikor a játékos úgy dönt, hogy férfi vagy női főszereplő legyen, és megválaszolja a hátterével kapcsolatos kérdéseket, nincs kényszerű választás. Inkább a játékos karakter - egy katona a távoli jövőben - megkapja a hatalmat, hogy bármikor olvasson a többi karakter gondolataiban.

Az, hogy Blaire, a főszereplőd milyen gyakran használja ezt az erőt, kizárólag a játékoson múlik. Az első fejezet közepétől kezdve szinte mindig elérhető, és az egyetlen módja annak, hogy a játékos interakcióba lépjen a történettel. A Blaire által megszerzett (vagy nem) tudás következményei megváltoztatják Blaire viselkedését és azt, hogy más karakterek hogyan reagálnak Blaire-re.