A történet a Marson játszódik. Ott kezdődik, ahol az UFO: Aftermath abbamaradt, és egyidejűleg fut az UFO: Aftershock-kal. Miközben a Földön a laputanok Wargot-ok és csillagszellemek ellen harcolnak, és kiderítik, mi okozta szülőbolygójuk pusztulását, a Marson egy kis kolónia próbál túlélni és virágozni.

A játékos további részleteket fog megtudni az intergalaktikus szervezetek, az úgynevezett Myrmecolok Naprendszerben való tevékenységéről. A tudományos kutatás és a Föld különböző csoportjaival folytatott kommunikáció más-más perspektívát ad neki a két előző folytatás eseményeiről. Az UFO: Afterlightban vadonatúj technológiákkal, szokatlan környezettel és régi és ismeretlen ellenségekkel találkoznak a játékosok.